北京2017年5月26日電 /美通社/ -- 近日，英特爾聯(lián)合博德研究所開發(fā)了“博德-英特爾基因組學堆棧 (BIGstack)”，英特爾以先進的分析流程參與和推動了基因組學研究。英特爾公司副總裁兼數(shù)據(jù)中心解決方案事業(yè)部總經(jīng)理 Jason Waxman 日前就這一成就進行了解讀，全文如下：
今天我們迎來了基因組學研究領域一個重大里程碑，英特爾很高興能夠參與推動這三項重大進展：
為更好地理解這些重大成就的意義，我就此展開以下解讀：
首先，英特爾和博德有著共同的愿景，那就是充分發(fā)揮基因數(shù)據(jù)的威力，把這些數(shù)據(jù)廣泛地提供給全球各地研究人員，推動重大科學發(fā)現(xiàn)?；蚪M學提供了有關生物體
DNA 內(nèi)部工作原理的信息。同時，基因組學的進步推動了探索性科研工作，幫助人們更好地理解生物系統(tǒng)的復雜性。幾乎所有人都了解癌癥給患者及其所在家庭會產(chǎn)生怎樣災難性的影響。通過今天的發(fā)布，我們可以進一步從分子層面理解癌癥和其它疾病的誘因并加快實現(xiàn)精準醫(yī)療。
這就是英特爾和博德推出 BIGstack 的原因，它以此前版本5倍的速度運行新的 GATK4 Best Practices 分析流程，支持空前的海量數(shù)據(jù)，并通過生產(chǎn)環(huán)境就緒的腳本來簡化部署?；谟⑻貭柼幚砥鳌?/span>Omni-Path Fabric 和固態(tài)盤的組合，該架構提升了性能。BIGstack 還包括基于英特爾FPGA的優(yōu)化，早期結果顯示，有望在 PairHMM 算法上實現(xiàn)超過35倍的提升。
對基因組學分析社區(qū)來說，博德-英特爾基因組學堆棧的1.0版在支付成本方面取得了重大突破。去年11月，雙方宣布五年內(nèi)投入2500萬美元，建立英特爾-博德基因組數(shù)據(jù)工程中心，建設基因組學分析社區(qū)也是這項合作的一部分。博德的GATK是一個廣受歡迎的基因組分析工具包，超過45,000個學術、非營利機構和商業(yè)領域的GATK用戶將可以使用這個堆棧。
這個新的參考架構今天在 BioIT World 2017（全球生物信息會議）暨博覽會上發(fā)布，點擊此處了解有關該參考架構方案的更多信息。此外，我們還希望分享如下內(nèi)容：
華大基因此次宣布的消息令人非常興奮，這意味著中國和美國領先的基因組研究機構將使用相同的開源軟件工具。這也推動了數(shù)據(jù)標準化和共享，有助于未來進行體量更大、更好的科學研究。
近期，我有幸訪問了位于劍橋的英特爾-博德基因組數(shù)據(jù)工程中心，該中心進行的重大優(yōu)化已經(jīng)包括在 GATK4 中。我希望 BIGstack 能成為全球領先的基因組研究機構的高級分析工作負載的通用平臺，推動合作和科學突破。
最后，這套交鑰匙解決方案將作為參考架構，提供給原始設備制造商 (OEM) 和系統(tǒng)集成商，其中包括聯(lián)想、HPE、浪潮和 Colfax 等等。
長久以來，英特爾團隊不斷以先進技術推動科學上一個又一個的突破。這些成就讓我相信，我們會在有生之年看到癌癥不再成為絕癥。我們十分榮幸地看到，英特爾與博德和華大基因等領先機構的合作，正讓這個夢想成為現(xiàn)實。
展望未來，對于基因變異復雜的相互作用以及治療如何影響分子路徑的研究，需要基于對樣本反復學習，而這將成為機器學習新的研究領域之一。通過全球菁英的合作，英特爾工程師正在運用人工智能來應對即將到來的重大挑戰(zhàn)。
更多詳情，請訪問英特爾-博德基因組數(shù)據(jù)工程中心的官方網(wǎng)站：www.intel.com/broadinstitute。
